商品画像が消えてしまいます。
EC-Cube3.0.13新規インストール
レンタルサーバー：ファーストサーバ、Zenlogic
Os：Linux
データベース：MySQL5.1.73
Webサーバー：Apache
PHP:5.6.21
プラグイン：あり
カスタマイズ：あり（公開されている普通行われる程度）
＜症状＞
html/upload/save_imageに登録保存してある全画像データが消失します。

商品画像データは３週間ほど前に一括してFTPでアップしています。暫く何事もなかったのですが３日前、アップしたはずの画像が消失していることに気づきました。save_imageの中のファイルが完全に消失しています。
サーバーの不具合ではないかと、調べてもらいましたが、そちらには何も特に異常はないとのことでした。
再度画像ファイルをアップした所、正常に戻り帰宅し、翌朝確認しましたがフロント画面では問題はありませんでした。
ところが午後２時過ぎから商品データの編集、画像の追加を始めたところ、既に表示されていた画像がみるみる消えてゆきます。
ただちにファーストサーバの方に異常がないか問い合わせたところ、エラーログはなく、外部からファイル破壊のような侵入の形跡もないとのことでした。
問題の時間帯のサーバー上のファイル数の推移を提出してもらったのが下のデータです。
①2016/1/31～2017/2/18 17時頃まで　約44000ファイルで大きな増減はみられず
②2017/2/18 17時頃を境に約20000ファイルまでファイル数が減少
③2017/2/19 14時30分頃を境に約65000ファイルまでファイル数が増加
④2017/2/20 15時頃を境に約20000ファイルまでファイル数が減少
⑤2017/2/20 16時30分頃を境に約44000ファイルまでファイル数が増加

ファイル数44000が大体の正常値です。②でsave_imageの中の画像が完全消失しています。③で際アップロードして復旧した状態です。ここで65000ファイルになっているのは、慌ててアップしたため、バックアップのsave_imageフォルダごとsave_imageの中にアップしてしまい、やむなく追加でフォルダの中身だけアップしたため画像ファイル数が２倍になっています。FileZillaで入れ子のsave_imageフォルダを削除しようとすると、エラーとなって削除できないので放置しました。
④商品データをいじり始めると３０分もたたないうちにみるみる画像が消失してしまいました。この時にはuploadディレクトリからsave_imageフォルダごと消えてしまいました（完全神隠し状態）⑤でsave_imageフォルダごとuploadディレクトリにアップロード。
異常が起こるきっかけは大体次のようです。
（1）画像ファイル数が24000以上
（2）画像ファイルの追加等管理画面から操作を加えた時

同様な現象がEC-Cube2.4系の時に報告されていますが、迷宮入り？
http://3dmoscow.ru/an.php?session_new=aHR0cDovL3hvb3BzLmVjLWN1YmUubmV0L21vZHVsZXMvbmV3YmIvdmlld3RvcGljLnBocD90b3BpY19pZD05NjM1JmFtcDtmb3J1bT0xMA$$?

上記2.4系での異常発生のきっかけは、同じ画像を複数商品で参照しているときだそうです。もちろん私の方でも、一部ありますが、それほど多くはありません。

ちなみに同じファーストサーバでEC-Cube2.11.5を運用していますが４年間そのような問題が起きたことはありません。
現在の状態では危なくてサイト公開できません。どなたか、対策を教えて頂けないでしょうか。