EC-CUBE3のカスタマイズ方法について教えてください。

基本はプラグインとしてカスタマイズする方法が推奨されているようですが、
規模の大きいカスタマイズになる場合でも、プラグインとして実装するのがよいのでしょうか。

また、プラグインとして実装する場合、細かな機能別にプラグイン化することは考えておらず、
1つの大きなプラグインとする想定なのですが、その場合の注意点などございますでしょうか。

予算・工数・スケジュールとの兼ね合い、ということもあるかもしれませんが
皆様のご経験などを共有頂けますと幸いです。