ご存じの方、いらっしゃいましたらお願い致します。

条件）
EC-CUBE 4.0.5
症状）
プラグインのバージョンが管理画面と実際とで違う
対象）
クロネコヤマト　クレジット・後払い一体型決済モジュール
質問）
正常な希望するバージョンでの利用方法（対応）

詳細）
３Dセキュアの導入に必要な項目が設定画面に表示されていなかったため、確認したところ、
EC-CUBE管理画面のプラグイン一覧では最新バージョンである1.5.0との表記だが、
プラグインのディレクトリ本体内では、バージョンの記載が1.1.2となっていました。

確認先　app > Plugin > YamatoPayment4 > composer.json

デモサイトを同じ条件で作成して確認したところ、プラグイン本体のディレクトの数、ファイルの数も違っており、
デモサイトでの上記同ファイルでの記載では1.5.0と間違いなく記載があることから、
EC-CUBE本体での管理バージョンと実際バージョンが違うために利用ができないと判断しました。
（プラグインとしてクレジット機能は問題なく使えております）

プラグインを停止・アンインストールしようとするも削除もできず、お手上げ状態です。
1.5.0で使うための、なんらか解決手段ありますでしょうか。
クロネコヤマトの指定窓口へ現状をお伝えするも、こちらへ相談するようにとおりましたので
どうぞ宜しくお願い致します。