お世話になります。
現在、EC-CUBEの2.13.5を使用しており、今回2.17系へのバージョンアップを行おうと思っています。

https://qiita.com/nanasess/items/ff9bbde34f7d44240c06
のサイトを参考に作業を行っていたのですが、以下の点がよくわかりません

わかる方教えていただけないでしょうか

[行った作業]
現在のec-cubeのフォルダは別名にして保存

新規に、
/var/wwwに
ec-cubeのフォルダを作成

サイトの「導入バージョンの EC-CUBE をクローン」
の処理を行いました

結果、/var/www/ec-cube内に、ec-cubeのファイル（dataやhtml）がありますが、同時に/var/www/ec-cube/ec-cube2にも同じdataやhtmlがあります
この場合、現在のファイルを上書きするのはec-cube/ec-cube2のどちらなのでしょうか
また、ファイルの内容を修正し、最終的に使用されるのは、ec-cubeフォルダ直下のファイルになるのでしょうか

上記サイトで、コマンドを実行する際の起点となるフォルダなどの記載がなく、困っています
お力をお貸しください