EC-cubeバージョン：4.2.1系
レンタルサーバ：Xserver
DB:MariaDB10.5

当方、ド初心者で的外れの質問かもしれません。。。
ご確認頂けると幸いです。

①
.htaccessでdenyを設定した場合の挙動に関して、
アクセスしたユーザーは読み込み、実行も出来なくなるのでしょうか？

例えば、下記の場合です。

・.xmlファイルをGoogleのボットに読み込んでもらいたい
・決済代行プラグインのUI部分（お客様情報、クレカ情報入力欄）を画面に表示して、ユーザーに入力・送信してもらいたい
・独自でカスタマイズしたCSSをユーザーに表示したい

②
また、public_html/app に.htaccess(deny all)を設置する事は問題無いのでしょうか？

何卒、ご確認ください。