いつも大変お世話になっております。
今回初めて質問させて頂きます。

タイトルの通りなんですが、一つのドメインに複数のプログラムをインストール可能でしょうか？
また何か弊害及び障害が発生するのでしょうか？

具体的には、
http://www.hoge.com/ec-cube1/
http://www.hoge.com/ec-cube2/
http://www.hoge.com/ec-cube3/

の上記のような構成で複数サイトの運営を考えています。
とくに問題はなさそうな気もするのですが、何か注意点などがあるようでしたらアドバイスを頂けたらと思います。

あと、ちょっと心配なのが、独自SSLの処理がちゃんと動くのでしょうか？

ご経験のある方のアドバイスをよろしくお願いいたします。