初めまして。
eccube開発コミュニティを見て勉強させて頂いております。
eccube-2.4.1を正常にインストールを終えました。

カスタマイズに挑戦していますが、「.htaccess」のファイルが
使用できず、カスタマイズに行き詰まってしまいました。
今まではHTMLでHPを作り、買い物カートは開発されたCGIを
使っていましたので、phpやMySQLは今回初めて使用します。

[EC-CUBE] eccube-2.4.1
[レンタルサーバ] シックスコアサーバ
[OS] Linux sv13.
[PHP] PHP 5.1.6
[データベース] MySQL 5.0.45
[WEBサーバ] Apache
[ブラウザ] InternetExplorer７

[現象]
シックスコアサーバのEC-CUBEのワンクリックインストールを
使用する場合、仕様により、dataフォルダもweb公開用の階層に
設置されてしまうので、セキュリティー上よくないかと思い、
ワンクリックインストールをせずにFTPソフトで自分自身で
インストールしました。

dataフォルダをpublic_htmlフォルダより上に
インストールしました。
http://www.sixcore.ne.jp/shared/man/install_eccube.php

その場合、html フォルダの中の .htaccess の名前変更し
「.htaccess」のファイル名を「backup.htaccess」に変更し、
htaccessを無効にする必要がありました。

これで、設置することができたのですが、カスタマイズを
しようとしたときに、「.htaccess」のファイルに設定する
必要がでてきました。↓
＜SEO対策＞ECcube公式ガイドブックp.169
[.htaccess]
#SEO対策の為追加
# 静的アドレス変換
RewriteEngine on
RewriteRule details([0-9]+).ec? /products/detail.php?product_id=$1 [L]
RewriteRule lists([0-9]+).ec? /products/list.php?category_id=$1 [L]


「.htaccess」ではこの設定を出来ないため、PHP設定の変更は
「php.ini」というファイルにて行う必要があるということで、
これからカスタマイズを行う場合はすべて、「php.ini」ファイル
でしなければいけないようです
http://www.sixcore.ne.jp/shared/man/server_phpini.php

「.htaccess」の記述を「php.ini」のファイルに書き換える方法が
わからず、色々調べてみましたが、自分自身の力では探すことが
できませんでした。

php設定以外の記載事項に関しては「.htaccess」にて出来るとの
ことですが、EC-CUBEのすべての設定はphpになるので
「.htaccess」の記述が必用な場合は、「.htaccess」に変わり
「php.ini」に記述するということでいいでしょうか？
又、どのようなカスタマイズでも「.htaccess」の記述がある場合
「php.ini」に書き換えて正確に動くことが可能なのでしょうか？

「.htaccess」の記述を「php.ini」のファイルに
書き換える為には、どのような勉強、どのような用語で
検索すればいいでしょうか？

初歩的な質問で申し訳ございませんが、
よろしくお願いいたします。