お世話になっております。

CPIの専用サーバ（パーミション預かり）にて、契約しているサーバに、EC-CUBEを設置しています。（mySQL/php:5.24/コミュ版使用です）

以前のおかしかった動作などは、一通り修復したのですが、現在良くわからない問題が2つほど残っていて、ゴソウダンさせてください。

1つ目は、パーミションエラーについてです。
管理画面/デザイン管理から、ページ詳細設定などの新規作成や編集を行うと、生成されるファイルのパーミションが、666となり、ページのPHPは、全てCGI実行エラーを吐き出してしまいます。
生成後、FTPアクセスして、パーミションを644に直せば、ページは表示されるようになるのですが、今後運用時に同じようにエラーが返ってくると困ることもありますので、修復したいのですが、このような時は、どうすればいいものでしょうか？
サーバ側の設定の問題としてCPIサポートに依頼をすべきか、それともEC-CUBE内のいずれかのファイルとの愛称などの問題でしょうか？（ちなみに別のサーバでテスト用に同期を取っているものは、通常通り動作していますが・・・）

同じくデザイン管理についてなのですが、特に上記と同じページ詳細設定で、ですが、時々、プロセスが滑っているのか、登録をするボタンのクリック後、登録できた旨のメッセージは出るのに、実際にファイルが更新されていないようなことが、あります。

現象を見ていると、サーバ側の問題のような気もしなくはないのですが、どこが、どう、問題、とわからなくて、悩んでいます。

どなたか、同様の現象にあわれた方、原因がお分かりの方がいらっしゃいましたら、アドバイスいただけませんでしょうか。

よろしくお願いします。