昨年からEC-CUBEを利用しておりますが、
当初知識が無かったためにURLが
http://example.com/eccube/html/
となるようなインストールを行ってしまいました。

後にサーバー側でドキュメントルートに/eccube/html/を設定する事により、
通常のURLに関しては/eccube/html/を省略できるようになりましたが、
/user_data/以下のページ
例）http://example.com/user_data/example.php
…にアクセスするともれなく、

ヘッダー、フッター以外のコンテンツ内容が全く表示されません。

これは何が原因なのでしょうか？

解決方法がありましたら、ご教授お願い申し上げます。