お世話になっています。
FFFTPでのデーターの移行の際にファイルが破損又は
移行できない場合があります。
FFFTP利用の際の注意事項について教えて下さい。

[EC-CUBE] eccube-2.4.1
[レンタルサーバ] シックスコアサーバ
[OS] Linux sv13.
[PHP] PHP 5.1.6
[データベース] MySQL 5.0.45
[WEBサーバ] Apache
[ブラウザ] InternetExplorer７
[FFFTP] FFFTP　Ver1.97a
[TortoiseSVN] TortoiseSVN 1.6.10,

テスト機で作ったものを本番機に移す際に下記の方法をとっています。

しかし、FFFTPで、ローカルパソコンにデーターをコピー又は
ペーストする際にデーターのコピーが完全にできていない場合があります。
完全にもれなく、テスト機の内容をコピーできているかを
確認する方法はあるでしょうか？
データーサイズをみてみましたが、数字が合いません。
今は移行するデーターを選びアップロード又はダウンロードし
「新しければ上書き」を何度かクリックして、忘れているものが
ないか確認している状態です。

ちなみに作業中によくFFFTPがフリーズしてしまいます。
再起動して使うことが多いです。
フォルダを多く選択するとよくフリーズして、困ります。
WindowsはVistaBisinessを使っています。


又、以下の方法でのテスト機から本番機への移行の仕方に
問題はないでしょうか？
アドバイスをお願いします。

＜htmlフォルダとdataフォルダ＞（TortoiseSVN とwinmerge使用）
　TortoiseSVNはサーバーで使用できないためローカルのみで使用
（１）テスト機の内容をローカルにコピー

（２）winmergeで本番機とテスト機比較
　　本番機にテスト機の内容をコピー
　　※テスト機から本番環境へ反映しないもの
　　・svnの.svnフォルダ (TortoiseSVN のエクスポート使用）
　　・設定ファイルec/install/index.php
　　・キャッシュファイルdata/logs

（３）FFFTPにてテスト機の必要箇所をコピーしたリビジョンを本番機にFFFTPにてアップロード

＜DB＞
（１）テスト機のDBのdump（***.sql)

（２）テスト機のDBをdumpしたデータの中で
本番機へ移行するため中のテスト機データーの下の2点の部分は
本番機のものに書き直し。
　　１）INSERT INTO `dtb_member` (`member_id`, `name`, `department`, `login_id`, `password`, `authority`, `rank`, `work`, `del_flg`, `creator_id`, `update_date`, `create_date`, `login_date`) ・・・
　　２）-- データベース: データーベース名本番機用

（３）（２）のデーターを本番機にrestore

テスト機と本番機へこ移行の方法はこれでもれなく出来ているでしょうか？
アドバイス頂ければ大変助かります。
よろしくお願いします。