ver 2.11.4
商品一覧(list.php)にて、ページが複数に亘る場合のページネーション部分ですが、

<div class="navi">
<li><strong>1</strong></li>
<li><a onclick="〜〜" href="〜〜">2</a></li>
<a onclick="〜〜" href="〜〜">次へ>></a>
</div>

のように<ul>が抜けています。
divの中が自動で書き出されますので、テンプレートに<ul>を足しただけでは<a>がおかしくなってしまいます。
<a>も1つの<li>としてはどうでしょうか。