▼テンプレート
[EC-CUBE]　EC-CUBE4.1.2 ダウンロード版
[レンタルサーバ]　X-SERVER
[OS]　Windows11
[PHP]　PHP7.4.33
[データベース] MySQL 10.5.13-MariaDB-log
[WEBサーバ]　Apache
[ブラウザ]　Google Chrome
[導入プラグインの有無] 多数あり
[カスタマイズの有無]　多数あり(過去に外注したものになり、質問者に知識がなくお答えできません。)

[現象]

キャッシュ削除のため、FTPから直接
public_html/var/cache
以下のファイルを全て消去したところ、フロントサイド、管理画面共にレイアウトが大きく崩れてしまいました。
現象共有のため、公開状態でサイトを共有いたしますのでご確認頂ければと思います。
https://melonsoda.shop/

また、管理画面ログイン後のスクリーンショットも合わせて共有いたします。
http://deai.mokuren.ne.jp/up/src/up8739.jpg

自動生成キャッシュがサーバー容量を食いつぶしてしまうため、上記キャッシュは定期で直接削除を行っていましたが、今回初めてこのようなことになってしまい困惑しております。
自覚が無いですが、他にも誤ってサイト動作に必要なファイルを削除してしまったのかもしれません。

管理画面含めてサイトデザインが一切反映されていない点から、PHPが動作していないことが原因なのかと思いますが、質問者にサイト構築の知識が乏しいため色々調べはしたものの途方に暮れている状態です。
サイト自体は一応動作はしているのですが
・商品ページで規格1(カラー)を選択しても規格2(サイズ)の選択肢が表示されない
・管理画面でプラグインのオン/オフを行おうとすると
No route found for "GET /melon_backoffice/store/plugin/29/disable": Method Not Allowed (Allow: POST)
などのエラー画面が出てしまう(参考スクショ：http://deai.mokuren.ne.jp/up/src/up8740.jpg)
といった挙動が確認取れています。

恐れ入りますが、サイト復旧のためご助力頂けますと幸いです。
どうぞよろしくお願いいたします。