＞また、テンプレートファイルを追加、変更するようなプラグインでは、テンプレートファイルのキャッシュを意識した方が良いかと思いますが
＞どのような挙動をしたらよろしいでしょうか？

プラグイン有効無効時にキャッシュが消えている事を確認せずに書いておりました。

ただ、管理者画面全てに影響があるプラグインの場合は、有効、無効を切り替えた場合、prefilter_transformのケースではキャッシュが消えない（消すタイミングが悪い？）です。
outputfilter_transformのケースでは、有効にした直後の画面で、outputfilter_transformのフックポイントが動いていない模様です。

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