dimaggio 様、書込みありがとう御座います。
お返事が遅れてしまいすみません。

メール設定でテンプレートの注文受付メールを見てみたのですが、
どうやら私が変更したい部分は動的データ挿入部分に入っている為
メール設定から変更する事ができない様です。

動的データ挿入部分を編集する為に色々探していた所、
data/Smarty/templates/default/mail_templates/order_mail.tplに

<!--{if $arrOther.title.value}-->
************************************************
　<!--{$arrOther.title.name}-->情報
************************************************

<!--{foreach key=key item=item from=$arrOther}-->
<!--{if $key != "title"}-->
<!--{if $item.name != ""}--><!--{$item.name}-->：<!--{/if}--><!--{$item.value}-->
<!--{/if}-->
<!--{/foreach}-->
<!--{/if}-->

という所を見つけたのですが、ここを変更すればコンビニ払いの時だけ注意書きが出るように出来るでしょうか？
もし可能なら、どう編集すればよろしいのでしょうか？

ご回答下されば幸いです。

よろしくお願いいたします。