お世話になります。

EC-CUBE2.11系のときと同じ挙動にするなら上記修正でよいと思いますが、あえてshipping_idを1にすることにした意図を理解していないので、正しいのかどうか分かりません。
「shipping_idが0である＝お届け先住所と注文主住所が同じである」
が確約されることを意図されていたのであれば、上記修正は意図に逆らっていることになります。

それを考えると、http://xoops.ec-cube.net/modules/newbb/viewtopic.php?topic_id=10962&forum=10 の134様の修正が正しいと思われます。

却って混乱を招くような投稿をしてしまい申し訳ありません。