例えば会員検索なら、data/class/helper/SC_Helper_Customer.php で、
検索パラメーターの設定とか、顧客一覧検索処理をやっていますね。
カスタマイズするならそのあたりでしょうか。

ちょっと簡単に説明できる内容ではないので、簡潔で申し訳ないですが。