買い物かごを編集する場合は、カートに金額を突っ込む辺りと、必要であれば受注に書きにいく辺りを部分的に乗っ取ればいいのではと思いますが、とりあえずロットで売りたいだけであれば代替案として「企画管理」を用いるのはいかがでしょうか。

ECCUBEインストール時に「アイスクリーム」があったと思いますが、あの品物は大きさや味によって商品を特定させています。
そこで特定された商品は通常の商品とほぼ同じ扱いができ、従って選択した大きさや味によって値段を変えることができたはずです。
その分類を「ロットの入数」に設定してやれば、基本的な要求は満たせると思います。

ただ、計上として来るデータは恐らくロットの数になりますので、商品の累積販売個数などを求める場合は入数を掛ける必要がでてきます。
また、同一商品の総在庫が連動しないと思いますので、物が売れたときに総在庫から差し引くようなカスタマイズを入れるか、各々のロットの在庫数量に余裕を持たせて設定する必要があります。

試せる環境が今ないので、嘘をついていたらごめんなさい。