お世話になります。

eccube 2.11.x
MySQL 5.0.77
PHP 5.2.9

ハッカーのアタックを受け、作成したＥＣＣＵＢＥサイトがマルウェアに感染してしまいました。感染源と思われるウィルスファイルをサーバーから除去しましたが、感染後、ＩＥ以外のブラウザでは最初にトップページを開いた際に画面が崩れるようになってしまいました。

特にFirefoxでは最初にトップページを開いた際に左カラムが画面中央に配置され、メインカラムと右カラムはその左カラムの下に配置されてしまいます。

Safari、Chromeではフッターがヘッダーの真下に配置されます。

Firefoxで上述の状態から更新をかけると正常な状態の配置になるものの、最初に開いたトップページが崩れた状態では意味がありません。 Safari, Chromeでは更新をかけても崩れたままです。

上述の様にＩＥでは正常に配置されます。

どなたか修正方法をご存知の方がいらっしゃいましたらご教授頂けませんでしょうか。