> ・商品マスターで「非公開」にしている商品が、過去の購入履歴から購入出来てしまう。

当方環境では、再現しませんでした。

EC-CUBE 2.12.3-dev
サーバーOS Windows NT SEVEN 6.1 build 7600 (Windows 7 Home Premium Edition) i586
DBサーバー MySQL 5.5.16
WEBサーバー Apache/2.2.16 (Win32) mod_ssl/2.2.16 OpenSSL/0.9.8l PHP/5.4.7
PHP 5.4.7 (Core, bcmath, calendar, ctype, date, ereg, filter, ftp, hash, iconv, json, mcrypt, SPL, odbc, pcre, Reflection, session, standard, mysqlnd, tokenizer, zip, zlib, libxml, dom, PDO, openssl, SimpleXML, wddx, xml, xmlreader, xmlwriter, apache2handler, gd, mbstring, mysql, Phar, pgsql, mhash)
GD 有効 (GD Version => bundled (2.0.34 compatible), FreeType Support => 1, FreeType Linkage => with freetype, T1Lib Support => , GIF Read Support => 1, GIF Create Support => 1, JPEG Support => 1, PNG Support => 1, WBMP Support => 1, XPM Support => , XBM Support => 1, JIS-mapped Japanese Font Support => )
HTTPユーザーエージェント Mozilla/5.0 (Windows NT 6.1; WOW64) AppleWebKit/537.11 (KHTML, like Gecko) Chrome/23.0.1271.64 Safari/537.11


ただ、危なっかしい設計になっているのは確認できましたので、カスタマイズ状況や操作手順によって発現するという事はありそうですね。

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Seasoft
こちらでの投稿は、アイディア程度に留めさせていただいております。
個別案件の作業は有償で承っております。お気軽にご相談ください。