動きましたようで何よりです。
一瞬値が見えるところに関してましては、typeがhiddenになっていないようでした。
以下のように変更すれば、見えなくなるかと思います。

//57行目辺り
cartForm.append($("<input/>").attr("name", this).val(searchForm.find('input[name='+this+']').val()));

//変更後
cartForm.append($('<input/>').attr({"type": "hidden", "name": this}).val(searchForm.find('input[name='+this+']').val()));

そういえば、私も気づかなかったのですが、バグ報告にはすでに上がってたみたいですね^^;
http://svn.ec-cube.net/open_trac/ticket/1918

＃ $.size()と$.lengthは同じ値が返りますが、理由がなければlengthが推奨だそうです。