根本解決ではなく申し訳ありませんが、
すぐに解決できる方法の１つとして。

縦が短い画像ということですが、
例えば一覧画像の縦が通常200pxだったとして、
今回の画像が100pxだとします。

その場合、たとえば白背景や黒背景のキャンバスを
縦200pxに設定し、その上に今回の100pxの画像を置いて
縦横中央ぞろえします。

それを書き出して登録するのはいかがでしょうか？


list.tplやCSSを調整する方法はいくらでもありますが、
それをここで事細かくお伝えするのは結構大変です。
（EC-CUBEというよりほとんどコーディングやマークアップのお話しです）

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