Sun18さん

X-Frame-Optionsの設定の前に
iframe自体がNGなのかどうなのかを切り分けしたいので、
もし、開発中のサイトであって
色々試せる状態にあるならば
iframeのURLをyoutubeではなく他のサイト
（ヘテムルで運用されているサイトとは別ドメインのもの）
を読み込んでみて表示されるかどうか確認できませんか？

そのiframeで表示された場合は、youtubeまたはFlashプレイヤーの
問題があるかもしれません。

やっぱり表示されない場合は、iframeがX-Frame-Options等で
外部ドメインのコンテンツをiframeで表示されない設定になっている事が
可能性の１つとして考えられます。

もともとWebサーバーの設定なので
.htaccessで制御できるかどうかは分かりません（サーバーによる）。
また、元々記述がなければ追記すればいいのですが、
記述に仕方などはサーバー会社のカスタマーサポートに問い合わせた方がいいです。
※上記のとおり、そもそも.htaccessで制御できないようにしてる場合もあるので。

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