既に読まれたかもしれませんが、読まれてなければ、

EC-CUBE商用ライセンス
http://www.ec-cube.net/license/business.php

を一読されると良いかと思います。

で、法律の専門家でも何でもないので、あくまで個人的な見解ですが、

引用：
オープンソースなので、基本的に問題ないと思います。

引用：
これは、ライセンスとは直接関係ないので、パートナー登録は不要です。

引用：

基本的には、その考えで正しいと思います。

ただ、GPLライセンスに関しては、法的解釈や定義が曖昧らしいので、最終的に納入先のユーザー様にGPLライセンスに関して理解して頂き、その性質・リスク等をご了承頂くことが大事かと思います。

とはいえ、詳細な条件・契約によって変わってくると思いますので、確実なところは、法律の専門家にご相談下さい。
あまりお役に立つような回答でなくて、すみません。

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リゾート会員権(エクシブ等)の売買・仲介