似たような機能をカスタマイズで何回かしたことがありますが
そのときの概要的には

1.受注ステータスで返品用、破損用のステータスを作成。
　　これにより後で集計や検索絞込などもしやすくなる。
2.SC_Helper_Purchase内で
　　出荷済み→返品　に変化の場合　在庫やポイント等を戻す処理
　　出荷済み→破損　に変化の場合　ポイント等を戻し、在庫は別処理
　という処理を加える
3.受注編集の際にステータス変更だけで2が透過的に処理される。
4.専用の帳票フォームを足す。

という感じでした。
特に２がポイントだと思います。

考え方としてはステータスの変動前後を見てSC_Helper_Purchase内で処理を変えるというカスタマイズにすることで、その他のカスタマイズを必要とせず標準機能がそのまま使えるという感じです。

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