素人です。
EC-CUBE : 2.12.3
mysql : 5.0.90
PHP : 5.3.6

サーバーの仕様でEC-CUBEの .htaccessに記述されているphpの制御をphp.iniで記述しなければなりません。下記のように書換後EC-CUBEのinstall/index.phpを実行すると　”×：PHPの設定ディレクティブ「magic_quotes_gpc」が有効になっています。”と出てきます。
http://www.サーバー名.com/phpinfo.php　で確認をしてみるとやはりmagic_quotes_gpcが"On"になったままです。

尚、.htaccess には　
suPHP_ConfigPath /home/サーバー名/html/
としてhtml配下全てに反映するようにしています。

どなたか、同様の問題に遭遇された方、いらっしゃいましたらご教示頂けませんでしょうか？

＝＝引用＝＝
# 基本は SC_Initial.php で設定するが、ini_setで反映されないものはここで設定する
mbstring.language = Japanese
mbstring.encoding_translation = Off
output_handler = none
magic_quotes_gpc = Off
session.auto_start = 0

# INI_ALL なのにもかかわらず, ini_set で指定しても反映されない環境がある...
mbstring.internal_encoding = "UTF-8"

# デフォルトテンプレートの状態で 2M 近くになるため
upload_max_filesize = 5M
#php_value post_max_size = 8M
register_globals = Off
＝＝引用終了＝＝