参考までに、
管理画面：受注管理からメールを送信する場合、
data/class/helper/SC_Helper_Mail.php 内にある関数 sfSendOrderMail から送信するようなので、
試しに、やってみました。

if (SC_Display_Ex::detectDevice() == DEVICE_TYPE_MOBILE) {
$objMailView = new SC_MobileView_Ex();
} else {
$objMailView = new SC_SiteView_Ex();
}

の部分を

if ($arrOrder['device_type_id'] == DEVICE_TYPE_MOBILE) {
$objMailView = new SC_MobileView_Ex();
} else {
$objMailView = new SC_SiteView_Ex();
}

にすると、携帯から注文された場合、注文先へ送信するメールは、mobile/mail_templates内のテンプレートを使用します。

新規注文の場合も関数 sfSendOrderMail から送信します。
この場合も $arrOrder['device_type_id'] に値が入っているようなので、
携帯から注文された場合、mobile/mail_templates内のテンプレートを使用します。