度々すみません。
先程投稿したものですが、PayPal以外は解決しました。

EC-CUBEを再インストールした際に、本番でもしまた何かしたら怖いと思いテストサーバーを作り、テストのテンプレートを作ってサバーエラーの原因究明を行いました。
その際に作ったテンプレートを本番でも使っていたので、別名のテンプレートだったので、サーバーエラーが起こる前に使ってたプラグインが使えなかったみたいです。
※テンプレート名を同じにしたらPayPal以外は使えるようになりました。

ただしプラグイン画面のPayPalは先程書いたのと同じ状況で、決済画面に行けるかも実験してみたところ「Your payment can't be processed. Please contact the merchant directly.」と表示されてしまいます。
本人確認も終了し、API署名も発行し記入しました。

可能であればアンインストールして、再インストールしたいのですが、それも不可能なようなのでこちらの解決策などありましたら、教えてください。
よろしくお願いします。