ご回答ありがとうございます。

SC_ClassAutoloader::autoloadの一部ソースを
参考してテストで行いました。

以下はテスト用のソースです。

define("CLASS_EX_REALDIR", "data/class_ex/");
define("CLASS_REALDIR", "data/class/");
$class = "SC_Helper_DB_EX";
$arrClassNamePart = explode('_', $class);
$is_ex = end($arrClassNamePart) === 'Ex';
$count = count($arrClassNamePart);
$classpath = $is_ex ? CLASS_EX_REALDIR : CLASS_REALDIR;

if (($arrClassNamePart[0] === 'GC' || $arrClassNamePart[0] === 'SC') && $arrClassNamePart[1] === 'Utils') {
$classpath .= $is_ex ? 'util_extends/' : 'util/';
} elseif ($arrClassNamePart[0] === 'SC' && $is_ex === true && $count >= 4) {
$arrClassNamePartTemp = $arrClassNamePart;
// FIXME クラスファイルのディレクトリ命名が変。変な現状に合わせて強引な処理をしてる。
$arrClassNamePartTemp[1] = $arrClassNamePartTemp[1] . '_extends';
$classpath .= strtolower(implode('/', array_slice($arrClassNamePartTemp, 1, -2))) . '/';
} elseif ($arrClassNamePart[0] === 'SC' && $is_ex === false && $count >= 3) {
$classpath .= strtolower(implode('/', array_slice($arrClassNamePart, 1, -1))) . '/';
} elseif ($arrClassNamePart[0] === 'SC') {
// 処理なし
}
// PEAR用
// FIXME トリッキー
else {
$classpath = '';
$class = str_replace('_', '/', $class);
}

$classpath .= "$class.php";
echo $classpath;


実行の結果は
data/class/helper/db/SC_Helper_DB_EX.php
です。

やはりclass/helper/dbという存在していないパスになってしまいました。

ちなみに、私はLinuxで開発していますから、大文字と小文字が区別します。