対応チケットは、不明ですが。
v2.13.0で修正されているようです。
（たぶん、これだと思います。）
data/Smarty/templates/admin/order/edit.tpl
<!--{foreach name=shipping from=$arrAllShipping item=arrShipping key=shipping_index}-->
<!--{if $arrForm.shipping_quantity.value > 1}-->
<h3>お届け先<!--{$smarty.foreach.shipping.iteration}--></h3>
<!--{/if}-->
<!--{assign var=key value="shipping_id"}-->
<input type="hidden" name="<!--{$key}-->[<!--{$shipping_index}-->]" value="<!--{$arrShipping[$key]|default:"0"|h}-->" id="<!--{$key}-->_<!--{$shipping_index}-->" />
<!--{if $arrForm.shipping_quantity.value > 1}-->
.
.
<!--{/if}-->
この if 文に対する else が追加されています。
<!--{else}-->
<!-- 配送先が１つでも、shipment_itemを更新するために必要 -->
<!--{assign var=product_quantity value="shipping_product_quantity"}-->
<input type="hidden" name="<!--{$product_quantity}-->[<!--{$shipping_index}-->]" value="<!--{$arrShipping[$product_quantity]|h}-->" />
<!--{section name=item loop=$arrShipping.shipment_product_class_id|@count}-->
<!--{assign var=item_index value="`$smarty.section.item.index`"}-->
<!--{assign var=key value="shipment_product_class_id"}-->
<input type="hidden" name="<!--{$key}-->[<!--{$shipping_index}-->][<!--{$item_index}-->]" value="<!--{$arrShipping[$key][$item_index]|h}-->" />
<!--{assign var=key value="shipment_product_code"}-->
<input type="hidden" name="<!--{$key}-->[<!--{$shipping_index}-->][<!--{$item_index}-->]" value="<!--{$arrShipping[$key][$item_index]|h}-->" />
<!--{assign var=key1 value="shipment_product_name"}-->
<!--{assign var=key2 value="shipment_classcategory_name1"}-->
<!--{assign var=key3 value="shipment_classcategory_name2"}-->
<input type="hidden" name="<!--{$key1}-->[<!--{$shipping_index}-->][<!--{$item_index}-->]" value="<!--{$arrShipping[$key1][$item_index]|h}-->" />
<input type="hidden" name="<!--{$key2}-->[<!--{$shipping_index}-->][<!--{$item_index}-->]" value="<!--{$arrShipping[$key2][$item_index]|h}-->" />
<input type="hidden" name="<!--{$key3}-->[<!--{$shipping_index}-->][<!--{$item_index}-->]" value="<!--{$arrShipping[$key3][$item_index]|h}-->" />
<!--{assign var=key value="shipment_price"}-->
<input type="hidden" name="<!--{$key}-->[<!--{$shipping_index}-->][<!--{$item_index}-->]" value="<!--{$arrShipping[$key][$item_index]|h}-->" />
<!--{assign var=key value="shipment_quantity"}-->
<input type="hidden" name="<!--{$key}-->[<!--{$shipping_index}-->][<!--{$item_index}-->]" value="<!--{$arrShipping[$key][$item_index]|h}-->" />
<!--{/section}-->
つまり、配送先が１カ所の場合、お届け先の商品情報部分が存在しないため、
空の情報がDBに登録されたのではないでしょうか。
追記：
classファイル側も修正が入っていると思います。
このままでは、数量の更新などで、order側とshipping側で不一致が発生するのではないでしょうか。
どうか教えて下さい！
受注管理 > 受注登録 dtb_shipment_item に登録されない
