みなさん、情報提供などありがとうございました。

結局内容詳細は不明でしたが、現在のデータを保存し、新たにEC-CUBEとテンプレートをインストールしました。

そこにデザインなどに関わる部分を上書きすることで、システム部分の不具合を正規の形に戻すことが出来ました。

みなさまのお陰でいくつか進めた部分もあったのですが、結果再インストールという強行策に出ました。

ご協力ありがとうございました！