元々、ダウンロード商品のお届け先の扱いは運用対応としておりました。
(変更、削除、数量などの扱いは dtb_shipment_item には依存していませんでした)

が、 dtb_shipment_item を常に生成するようにしてから整合性が取れなくなっているみたいですね。。

参考スレッド
http://xoops.ec-cube.net/modules/newbb/viewtopic.php?topic_id=8318&forum=2

本来は dtb_shipment_item に依存すべきではないと思いますが、いかがでしょうか。
とは言え、 現行の 2.13 系での修正は難しいかもしれません。