＞また、入金方法なのですが、どのようにすればカード振込み等の選択ができるようになるのでしょうか？

管理画面側の基本情報管理の支払方法設定というところで、支払方法の種類を作成・編集等できるようになっています。

それを基本情報管理の配送方法設定にて、配送業者を選択し、
表示されたページの取り扱い支払方法でその業者が取り扱える支払方法を設定することができます。

ただ、カード振り込みを許可するように作るのでしたら、
決済代行会社と契約して決済モジュールを利用することになると思います。