上記ではちょっと意味が伝わってなかったので、追記です。

ECCUBEの仕様としては、
購入時に自動で購入者に送られるメールには、

・基本情報管理→メール設定で設定したもの
・Smarty/templates/default/mailtemplateで設定したもの

それぞれ設定できると思うのですが、こちらで作成したサイトでは、現状、どの購入形式で購入しても、基本情報管理→メール設定で設定した内容のメールが送られてこない（具体的にはどの購入形式でもひとつめのテンプレートのみ反映されている）ので、それを直す方法はあるか、といった質問でした。

それともこれが仕様なのでしょうか・・・？
わかりづらくて申し訳ございませんが、よろしくお願いいたします。