どうしても character_set_client を変更できない環境は別として、通常 PHPUnit を実行する環境(ローカル環境や CIサーバーなど)は設定できると思いますので、my.cnf などで、character_set_client を正しく設定するのが良いのではないでしょうか。

どうしても character_set_client を変更できないのでしたら、 $backupGlobalsBlacklist をオーバーライドしてあげるのは良いと思います。

テストケースの観点からすると、テストとは直接関係のない設定を、テストプログラムにコーディングするのは、あまり良くありません。