2.12から2.13へのアップデートをどのように行ったか分からないのですが、
管理画面の「システム設定＞パラメーター設定」の画面で、
「USER_DEF_PHP_REALFILE」の内容が「DATA_REALDIR . "__default.php"」になっていれば、
問題ありません。

もし「USER_REALDIR . "__default.php"」となっている場合は
2.12のときの古いファイルを参照していますので、先に記載した内容で
更新してください。

※念のため、data/__default.php が存在することを確認してください。