HTTPとHTTPSで画面遷移する場合、ドメイン名が同じでないと、クッキー情報が共有できません。
独自SSLの場合、ドメイン名が同じなので問題がないのです。
共有SSLの場合、ドメイン名が異なるため、
HTTPの時に使用するクッキー名は、「お客様ドメイン名Ｂ」
HTTPSの時に使用するクッキー名は、「お客様ドメイン名Ａ」
になります。
そのため、共有SSLでは、ショップ全体をHTTP又はHTTPSで運用する形になるかと思います。

私も、利用しているサーバーは、
以前、共有SSLだったため、ショップ全体をHTTPSで運用していました。
（ただ、携帯は、HTTPで運用しましたけど。）
現在、独自SSLも可能（無償）になったので、HTTP・HTTPSで運用しています。