nana777様

送料についてですが、送料はDBのdtb_delivfeeに保存されているので、
dtb_delivfeeでEC-CUBE2.12.6のデフォルトソースにGrep検索をかけたところ関係しそうな箇所は下記でした。

SC_CartSession.php function sfGetDelivFee($pref_id, $deliv_id = 0)

それで、この部分に消費税を加えるという処理をいれるなら、よいかもしれません。

ただ、この部分の影響範囲等は調べておりませんので、あくまで自己責任でお願いいたします。