ありがとうございます。
管理画面のコードを見てみましたが、書き換えられている痕跡はありませんでした。
もちろん自分でカスタマイズも行っていません。

同じEC-CUBEのバージョンで、同じ決済会社を使っている別サイトではこのような現象が出ませんので（正常動作）、やはり決済会社を変更（モジュールを変更）した事が原因のようです。

配送先住所を変更した時のみ空白になるようですので、とりあえずクライアントには空白の時は、自動配信メールを確認するように伝えました。

このままでは解決しなさそうですので、折を見てEC-CUBE自体を構築しなおしたいと思います。

ありがとうございました。