iamcube様

プラグインの中には有効にするとmailの機能やテンプレートもプラグイン独自のものに変わるものもあります。

それで、もし原因がプラグインにある場合、
改善案としては以下があると思います。
・EC-CUBEにしたカスタマイズ部分をプラグイン側のプログラムに反映する
・プラグインの記述をEC-CUBEに反映して、プラグインを使わないようにする

何かの参考になれば幸いです。