お返事ありがとうございます。
httpdocs直下にSC_DbConn.phpをアップしたのは以下URLの手順２を参考にしました。

http://wiki.ec-cube.net/index.php?%A4%BD%A4%CE%C2%BE%2FEC-CUBE%A4%AC%A5%A4%A5%F3%A5%B9%A5%C8%A1%BC%A5%EB%A4%C7%A4%AD%A4%EB%A5%DB%A5%B9%A5%C6%A5%A3%A5%F3%A5%B0%A5%B5%A1%BC%A5%D3%A5%B9%2F02_%B8%A1%BE%DA%A5%DB%A5%B9%A5%C6%A5%A3%A5%F3%A5%B0%A5%B5%A1%BC%A5%D3%A5%B9%2FXbit%A4%D8%A4%CE%A5%A4%A5%F3%A5%B9%A5%C8%A1%BC%A5%EB%CA%FD%CB%A1

試しにhttpdocsのSC_DbConn.phpを削除したところ文字化けなしで
表示され/httpdocs/install/tempを777に変更するとこまでは
表示されるのですが次の画面(各ファイルのパーミッション変更を指示する画面)
に進むと以下のエラーがでます。

Fatal error: Call to undefined method: db_error->query() in /home/httpd/vhosts/hoge.com/httpdocs/data/class/SC_DbConn.php on line 62

62行目は以下のコードになっていてXbitではデータベースがujisで
作成されるようなので必須のコードです。

$this->conn->query("SET NAMES ujis");

これを外すとインストールを進めれるのですがインストール後に
サイトを確認すると以前同様に部分的に文字化けを起こしてしまいます。

なにか回避策はないものでしょうか？