メンバー管理で「店舗オーナー」設定になってしまった場合、
下記のスタイルシート記述で管理画面の表示されるメニューが制限されるようになっています。
/html/user_data/packages/admin/css/admin_contents.css

/* 権限 */
x-dummy
,.authority_1 #navi-basis-masterdata
,.authority_1 #navi-contents-file
,.authority_1 #navi-design-bloc
,.authority_1 #navi-design-template
,.authority_1 #navi-design-add
,.authority_1 #navi-system
,.authority_1 #navi-ownersstore {
/* display: none; --- IE で不具合 */
border: none;
width: 0;
height: 0;
overflow: hidden;
visibility: hidden;
}

上記の記述を一旦取り除いた後に、
「システム管理者」権限のメンバーを追加されてはいかがですか。