うーん。。。
Return-Path
Reply-To
From
を全部一致させ、
かつ存在するアドレスにしてみましょう。

これで駄目ならあとは・・・
サーバ側（DNSレコード）とメール本文（怪しいと思われるURLなどを記載）していたり、一括メールなどでGmail側にスパム業者認定されていたり・・・といった具合かなぁ。

手間ですがECCUBEを通さず、直接XSERVER側でWEBメール機能でも利用してテストメールを送信するなどして、問題を切り分けていくことが重要です。

あと思いつくのはIPv6とIPv4の問題かなぁ・・・・
迷惑メール扱いは最終的にはGmail側での判断でしかない為
できるだけ疑われない用に調整してみるしかないです。