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[EC-CUBEバージョン] 2.12.3
[サーバ] 　　(専用サーバー)
[DB] MySQL 5.5.30
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商品数、注文数がある程度増加したとき、ダウンロード販売商品のダウンロード時にダウンロードできなくなる事象がありました。
弊サービスでは商品数約800件、注文数約1500件ごろから発生しました。

マイページからのダウンロード時に、同一データを大量にSelectしており、そこでSQLがタイムアウトしている様子だったので、該当クラスを修正しました。

LC_Page_Mypage_DownLoad.php
の198行目に、
$objQuery->setLimit('1');
を追記する感じです。（実際の修正は拡張クラスに記載）

DBやサーバーの性能、商品数や注文数（削除済み含む）の件数にもよって変わると思いますが、ここの処理、負荷になっているかと思われます。

ご確認と、場合によりチケット発行、データ整合性を含めたテストをご検討いただければと思います。