続きです。

本件はLC_Page.phpのLC_Pageクラス内getLocation関数の最初のif関数(214行目辺り)辺りの処理が問題のようです。

具体的には下記の処理です。

substr_replace(HTML_PATH, "", strlen(HTML_PATH) - strlen(URL_DIR), strlen(URL_DIR));

先のコメントの条件で考えると
HTML_PATH が /home/user/eccube2/html/
URL_DIR が /hogehoge/
になりますが、

strlen(HTML_PATH) - strlen(URL_DIR)　の値が24-10で 14
strlen(URL_DIR)　の値が 10
関数の結果が/home/user/ecc　になります。
（ここで期待される結果は/home/user/eccube2のはず）

その後この値がrealpathに投げられているので結果はfalseとなり、その後のリダイレクト処理が延々失敗しているようです。

ソースを修正しない場合の対応策として
/home/user/eccube2/html/　を　/home/user/eccube2/hogehoge/　に変更し、エイリアスを
Alias /hogehoge/ "/home/user/eccube2/hogehoge/"
とすることで正常にログインできるようです。
（他の動作に関しては検証してません。）