ありがとうございます。

将来的にSSLは使用したいと思っておりますが、現状では使っておりません。
ルートディレクトリとなるhttpdocsフォルダ内に、EC-CUBEのHTMLディレクトの中味をベタ置き。DATAディレクトリはフォルダーごとコピーしました。

あと気になっているのが、Windowsマシーンを使用してレンタルサーバーにFTPでコピーしたのですが、EC-CUBE1.4.5をWindows上で解凍した時に、
root-----EC-CUBE1.4.5-----HTML
+ +
+--HTML +--DATA
+
+--DATA
の様に展開されたので、親ディレクトリ上のファイルを子ディレクトリに上書きしています。