お世話になっています。
遅くなりました、回答ありがとうございます。

調べた結果、自分たちで導入したテンプレートの中に変更すべきファイルが入っていたのに、それを解っておらずdefault/mail_templates/order_mail.tpl　を変更していたので、いつまで経っても変更が反映されないということでした。

defaultのフォルダの中にも一式が残っていたので、そちらばかりをいじってしまっていました。

助かりました、ありがとうございます！