サーバ環境にもよるのかもですが・・・

やはり、EC-CUBEに限ってはPostgreSQLのほうが安心じゃないですかね？
DISTINCTの問題がありましたが、商品点数が多くなってきたときに、まだ不安な気もします。

これは、環境にもよるので確実ではありませんが、同じ商品点数を登録した状態で、速度的にはMySQLのほうが早い気がします。一般的にMySQLのほうが早いのでそれはそうなのかもしれませんね。
でも、私のテスト環境に限った話ですので、参考程度です。