tao 様、貴重な情報をありがとうございます。

> EC-CUBEはMySQLを使用する場合サブクエリを多発します。
> これが速度低下の一番の要因ではないかと考えています。

2.x.x 系から複数カテゴリーに対応になったため、
MySQL では非常に複雑な SQL を使用しているとの情報を読んでいましたので、
根本的な部分はやはりそこらへんになるのでしょうか。

いまもあちこちソースを覗いていたのですが、
折角の情報を頂きながら、自分のいまのスキルではおっしゃることを理解して
解決するまでにはかなり時間がかかりそうです。

サーバーのスペックは分かりませんが、
1.x.x 系のサイトでは数千点の商品を登録されていても
結構はやく動いているサイトがあるようですし、
他の方の記事を読みながら運営されているサイトをあちこちと見させていただき
参考にさせていただいています。

とりあえず複数カテゴリー対応は見送ることにして、
1.4.5 にまた商品を登録して動作をチェックしてみます。

どうもありがとうございました。