引用：

私はこの欠点が嫌なのと、
wwwフォルダの中にhtmlフォルダ以外の分も格納されるのがちょっと…と思ったので手でいれましたが…
あと、カスタマイズを入れるのでアップデート時にそれを上書きされる可能性も皆無ではない、という点も気になるので（カスタマイズ無い場合は多分大丈夫と思いますが）。

リンク切れの件については、app/config/eccubeフォルダ内の設定ファイルを変更すればなおると思いますが、環境によってどう修正するかが変わるので、的確なアドバイスをもらうのは難しいと思います。
…最初のインストール段階から『htmlフォルダがドキュメントルート』になるようにして、インストール画面をhttp://[ドメイン名] を指定すれば開ける状態にしてインストールをするのが一番トラブルないです。

このあたりはさくら側が管理画面からのインストールをサポートしているのと、今後同様の要望が出るかとおもうので、サポートセンターに相談するのが一番簡単かと思います。