ikemoto 様、私のような素人にありがとうございます！
本日帰宅したら試してみようと思います。

さくらのサポートに問い合わせてみたのですが
サポート外のような感じでした。

-------さくら　サポートの回答--------------

誠に恐れ入りますが、クイックインストール機能でEC-CUBEをインストール
した場合、運用URLが
http://インストール先ドメイン名/lインストール先フォルダ名/html/
となる仕様となっております。

また、EC-CUBEは弊社にてご提供のプログラムでは無いため、詳細を
把握しておらず、運用URLを変更する方法は判りかねます。ご了承
ください。
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>最初のインストール段階から『htmlフォルダがドキュメントルート』になるようにして、
>インストール画面をhttp://[ドメイン名] を指定すれば
>開ける状態にしてインストールをするのが一番トラブルないです。

こちらについて試してみようと思っているのですが
これはインストール前にさくらのドメイン設定から、
htmlをルートに来るように設定をしておいて
ドメインの直下に(さくらのクイックインストールで)インストールをするという事なのでしょうか？
（アホで申し訳ありません）

クイックツールを使わず、手動のアップロード＆インストールくらいなら
自分でも何とかできると思います。

お時間がある時にでもご教示お願い申し上げます。